mardi 6 octobre 2015

Trois variantes de virus Ebola identifiés en Guinée?

Le séquençage du génome des souches du virus Ebola qui circulent en Guinée a permis à des scientifiques de l'Institut Pasteur à Dakar et à Paris, le CNRS et l'Université de Sydney de retracer la propagation du virus et de suivre son évolution dans le pays où l'épidémie a commencé. Cette recherche révèle la co-circulation en Guinée, en particulier dans les régions urbaines des villes de capital et de voisins, de trois variantes distinctes du virus dont les mutations sont décrites dans un article publié dans Nature. La caractérisation des variations génétiques du virus est essentielle pour assurer l'efficacité continue des outils de diagnostic et pour le développement de traitements et de vaccins efficaces.

L'épidémie d'Ebola a été en cours en Afrique de l'Ouest depuis plus d'un an, avec 27,341 cas déclarés, dont 11 184 ont été mortels. La source de l'épidémie a été attribuée à une zone boisée dans le sud-est de la Guinée, d'où elle se répandit rapidement dans la capitale, Conakry, et dans les pays voisins. En Mars 2014, l'Institut Pasteur de Dakar a mis en place un laboratoire mobile à l'hôpital Donka (Conakry), pour fournir des services de diagnostic dans toute la Guinée. L'implication des bénévoles de l'Institut Pasteur et de son réseau, à Conakry et dans d'autres régions de la Guinée tels que Macenta, était constante pendant toute épidémie.

Suivi du développement du génome du virus Ebola est la clé pour développer de meilleures stratégies de traitement, la conception de vaccins efficaces et de veiller à l'efficacité continue des outils de diagnostic. À cette fin, des scientifiques de l'Institut Pasteur de Dakar et Paris, le CNRS et l'Université de Sydney ont contribué aux efforts internationaux de lutte contre la maladie par la caractérisation du virus Ebola isolats circulant en Guinée entre Juillet et Novembre ici 2014.

Le séquençage du virus à partir d'échantillons rares contenant seulement de petites quantités de matériel biologique a été optimisé dans un effort de collaboration avec des scientifiques du Broad Institute (Cambridge, USA), qui étaient déjà déployé en Sierra Leone. L'analyse de ces séquences révèle l'existence de trois variantes distinctes du virus co-circulation en Guinée, et une dynamique très différente de celle observée en Sierra Leone et au Libéria.

La première variante est étroitement lié aux virus prélevés au début de l'épidémie en Mars 2014. Cette variante se trouve seulement en Guinée, à la fois dans les zones urbaines (Conakry) et les régions boisées.

La deuxième variante est lié aux virus circulant en Sierra Leone, mais pourrait correspondre à une évolution parallèle en Guinée. Ces séquences représentent le chaînon manquant qui a conduit à deux introductions distinctes du virus Ebola au Mali, en Octobre et Novembre ici 2014.

La troisième variante a été identifiée à Conakry et les villes environnantes (Forécariah, Dalaba et Coyah). Les similitudes marquées entre cette variante et les virus trouvés en Sierra Leone, combinées aux données épidémiologiques, soulignent plusieurs réintroductions d'Ebola en provenance de Sierra Leone à la région autour de Conakry.

Chaque variante est définie par une combinaison de mutations affectant différentes protéines virales, en particulier la protéine VP35, qui peut être un facteur de virulence, la glycoprotéine d'enveloppe du virus, ce qui peut modifier la perception du virus du système immunitaire, ou la polymérase, qui est habituellement une région virale plus conservées.

Bien que cette étude met en évidence la diversité génétique des virus qui circulent en Guinée lors de la propagation de l'épidémie, il montre aussi que le taux de mutation est bien en deçà des marges décrites précédemment pour ce type de virus. Suivi variations virales est un complément solide à des études épidémiologiques retraçant chaînes de transmission, et permettra de mieux cibler les stratégies de réponse face à de nouvelles épidémies potentielles. Enfin, des études sur les variations génétiques du virus Ebola, qui ont rapidement été mis à la disposition de la communauté scientifique, permettra d'optimiser les traitements et vaccins en cours de développement.