Les bactéries résistantes à un médicament de dernier recours sont apparues sur une ferme porcine américaine
Des bactéries portant un gène qui accorde une résistance contre un antibiotique puissant ont été trouvées dans une ferme porcine aux États-Unis, ont rapporté ces chercheurs dans la revue Antimicrobial Agents and Chemotherapy .
Le gène rare aide les bactéries à contrer les carbapénems, une classe d'antibiotiques utilisés pour lutter contre les germes qui sont déjà devenus résistants à d'autres médicaments. Il était situé sur des morceaux d'ADN appelés plasmides, qui peuvent être échangés entre espèces. C'est la première fois que des bactéries présentant une résistance au carbapenème transmissible ont été manifestées dans le bétail américain.
La bonne nouvelle est que ces germes (un groupe connu sous le nom d'Enterobacteriaceae résistant au carbapénemère, ou CRE) n'apparaissent dans aucun des échantillons de caca prises à partir de porcs programmés pour l'abattage. Il ne semble donc pas qu'ils contaminent le porc de la ferme.
"La préoccupation est que les bactéries avec ce gène sur ce plasmide pourraient être transportées par les porcs dans l'approvisionnement alimentaire, où les consommateurs pourraient être exposés et colonisés", explique le co-auteur Thomas Wittum, de l'Ohio State University College of Veterinary Medicine. "Nous n'avons trouvé aucune preuve qui se passait dans cette ferme, mais nous voulons savoir comment s'assurer que cela n'arrive pas".
Qu'est-ce qu'ils ont trouvé?
Les bactéries hébergeant le gène ne causent normalement pas de maladie chez les personnes en bonne santé. Ils peuvent, cependant, causer des infections graves dans les hôpitaux, et jusqu'à la moitié des personnes qui ont des infections sanguines de CRE meurent.
Et parce que le gène de résistance peut être facilement transmis entre différents types de bactéries, la CRE pourrait conférer cette capacité dangereuse aux microbes qui endommagent les personnes plus souvent. "Ces bactéries peuvent être un réservoir de gènes de résistance qu'ils peuvent partager avec des agents pathogènes comme la salmonelle", explique Wittum. "Carbapenems sont l'un de nos antibiotiques les plus importants pour sauver des vies, de sorte que les bactéries deviennent résistantes est extrêmement préoccupante".
Ce n'est pas la première fois que les bactéries résistantes à ces médicaments de dernier recours ont été trouvées dans le bétail; Ils ont été signalés dans les excréments de bétail au début de cette année. Mais ces bactéries ont porté les gènes sur leurs chromosomes (structures filiformes qui portent la plupart du matériel génétique dans les bactéries, les humains et d'autres formes de vie), et ne peuvent donc les diffuser qu'à leurs descendants.
Les germes de la ferme porcine portaient des gènes de résistance sur les plasmides, qui sont des anneaux séparés d'ADN auto-réplicant. "Certains plasmides ne se déplacent pas très facilement car ils n'aiment que certaines bactéries", dit Wittum. Mais le plasmide trouvé portant des gènes de résistance CRE ne semble pas s'occuper de ce que la bactérie porte. "Celui-ci semble se déplacer particulièrement facilement entre les bactéries".
D'où vient-il?
Wittum et ses collègues ont identifié le gène sur une ferme familiale avec 1 500 truies en surveillant la résistance aux antibiotiques chez les animaux agricoles. L'équipe a utilisé des vadrouilles Swiffer et des écouvillons de gaze pour collecter du caca de porc et d'autres échantillons microbiens des planchers, des murs et des surfaces sur une période de cinq mois en 2015.
Les germes résistant aux carbapénomes se trouvaient surtout dans l'environnement des porcs. L'équipe les a découverts dans les selles de certaines truies et porcelets, même si aucun d'entre eux n'a montré de signes de maladie.
Le gène permet aux bactéries de créer une enzyme qui décompose les carbapénems. C'est «un gène particulièrement rare qui n'a été signalé que deux fois avant aux États-Unis et seulement quelques fois dans le monde», dit Wittum.
Les carbapénems ne sont même pas utilisés chez les animaux, il est donc surprenant qu'un gène conçu pour résister à eux apparaisse dans une ferme. "Nous ne savons vraiment pas de l'origine de ce gène, mais il est probable que cela se soit produit dans un milieu de santé humain et, d'une manière ou d'une autre, a été introduit dans la ferme grâce aux mouvements de personnes", a déclaré Wittum. "Nous ne croyons pas que ce gène de résistance a émergé dans cette ferme, il a été presque certainement introduit de l'extérieur".
Mais les porcs reçoivent régulièrement d'autres antibiotiques, et cela contribue grandement au problème général de la résistance aux antibiotiques. "Chaque fois que les antibiotiques sont utilisés, ils fournissent une pression de sélection, favorisant les souches résistantes, car la concurrence est réduite", explique Wittum. Donc, d'autres antibiotiques utilisés pour traiter les cochons malades peuvent avoir permis aux bactéries résistantes au carbapénemé de s'épanouir.
Et maintenant?
Pour éviter que les gènes résistants ne se déplacent dans la population humaine, les fermes devront être étroitement surveillées. "Nous devons savoir s'il existe d'autres fermes comme celle-ci, ou si ce n'est qu'un événement rare isolé", explique Wittum.
Il est également important de comprendre le rôle que jouent les médicaments utilisés pour traiter les cochons malades pour aider à la propagation des gènes résistants. "Nous ne pouvons pas simplement cesser d'utiliser des antibiotiques pour traiter les animaux malades", explique Wittum. Mais il peut y avoir des mesures que nous pouvons prendre pour éviter que les souches résistantes ne se propagent.
«Il y a beaucoup de recherches sur les pratiques de gestion, les pratiques d'utilisation d'antibiotiques, les alternatives aux antibiotiques, les vaccins et les pratiques préventives ... mais il n'y a pas de balle magique», explique Wittum.