Les organismes sont généralement classés selon le système à trois domaines, introduit par Carl Woese en 1990. Il remplace l'ancien royaume de cinq systèmes de classification organisme. Dans la classification de Woese, les trois domaines de la vie sont les suivants: bactéries, archées, et Eucaryota.
Également à l'étude est l'ajout d'un quatrième domaine, Acytota, qui signifie «sans cellules", pour représenter les virus et autres cellules moins pseudo-organismes tels que les prions. Encore plus spéculative est un cinquième domaine organismes, Nanobiota, ce qui peut représenter extrêmement petits, la vie-comme des structures filamentaires on trouve dans certains minerais. Plus récemment, en 2002, certains scientifiques ont considéré Archaea et Eucaryota dans le cadre du même domaine, Neomura.
La division la plus importante dans la vie est généralement considérée comme celui entre les organismes procaryotes (cellules avec des noyaux) et les organismes eucaryotes (avec les noyaux). Un peu moins importante, mais toujours très important, c'est que la distinction entre les organismes unicellulaires et pluricellulaires, et entre les plantes et les animaux.
Si des virus sont finalement reconnus comme une forme valide de la vie, puis la division la plus importante serait devenue si oui ou non une forme de vie est basée cellulairement du tout. L'admission éventuelle de virus dans le royaume de la vie a été initiée avec la découverte de Mimivirus, un virus à ADN très grand avec des gènes codant pour la synthèse de nucléotides et d'acides aminés, quelque chose même certaines bactéries manquent.
Une autre différence majeure est que catégorie entre aérobie (oxygène de respiration) et anaérobies (pas besoin de l'oxygène) des organismes. Une fois, quand l'atmosphère terrestre est principalement le dioxyde de carbone, la Terre était recouverte de micro-organismes anaérobies, mais beaucoup d'entre eux sont morts au cours de la catastrophe de l'oxygène, une longue période au cours de laquelle les organismes aérobies accèdent à la notoriété, libérant de grandes quantités d'oxygène toxiques pour les anaérobies organismes. Maintenant, les organismes anaérobies sont le plus souvent vus dans les tas de compost.
Si la vie est découverte sur une autre planète, cela représenterait une division encore plus fondamentale dans la vie. Le terme utilisé pour désigner les organismes terrestres est collectivement Gaeabiota. Parfois, le plus ancien ancêtre commun de la vie terrestre est appelée LUCA, qui représente le "dernier ancêtre commun universel". LUCA est supposé avoir vécu entre 3,6 et 4,1 milliards d'années