Les avantages et les inconvénients de papayes génétiquement modifiés font l'objet d'un débat. Dans l'ensemble, les aliments génétiquement modifiés sont généralement résistantes à certains insectes et autres parasites. Les inconvénients ont surtout à voir avec le fait que ces aliments ont pas été prouvé sûr sur le long terme, il y a donc des groupes environnementaux et de l'organisation de la santé qui croient que les aliments génétiquement modifiés pourraient être nocifs pour la santé humaine lorsqu'il est consommé en grandes quantités.
Génétiquement modifiés papayes ont été développés pour être résistants au virus ringspot de la papaye, qui peut être dévastatrice pour les cultures de la plante. Ils ont été développés, et, au moment d'écrire ces lignes sont disponibles dans une variété de pays. Il y a encore plus de pays qui ne l'ont pas emboîté le pas, mais les responsables de l'industrie tentent de déterminer quelles mesures doivent être prises pour les rendre plus largement disponibles. Beaucoup de pays où les papayes génétiquement modifiés ont d'abord été vendus sont industrialisés, avec les pays en développement étant parmi ceux à la traîne.
Il y a un débat lourd sur la production et la distribution de papayes génétiquement modifiés et d'autres aliments. D'une part, une capacité à cultiver davantage de plantes sans crainte de virus et autres agents pathogènes qui détruisent les plantes signifie que plus de nourriture peut être cultivé globale. Plus d'aliments cultivés, signifie qu'il n'y a plus de faire le tour. Ceci est un aspect important du débat, car la population mondiale augmente, et les cultures conventionnelles peut ne pas être suffisamment fructueuse pour nourrir tout le monde indéfiniment.
Sur une petite échelle, moins de perte de récolte signifie que les agriculteurs peuvent gagner plus d'argent pour soutenir leurs propres familles grâce à la vente des récoltes. Ceci est très important pour les producteurs qui ont des difficultés en raison financièrement à des pertes de récolte généralisées. En termes de papayes, le virus de la papaye anneau du sport(ringsport) peut être très dévastateur, et peut anéantir des récoltes entières.
Le principal inconvénient de l'utilisation des papayes génétiquement modifiés, et d'autres aliments d'ingénierie, est qu’ils n’ont pas été prouvé sûr sur le long terme. Certaines organisations de la santé affirment que les risques pour la santé humaine sont grands, et que tous les aliments génétiquement modifiés devraient être interdits pour les rayons des supermarchés. D'autres affirment qu'ils sont tout aussi sûrs et sain que les cultures plus cultivés conventionnellement. La vérité de l'affaire ne peut pas être connue pour quelque temps.