Il existe deux groupes principaux de bilatériens (bilatéralement symétrique) animaux: protostomes et deutérostomes. Ils sont aussi appelés superphyla, car chacun contient plusieurs phylums animaux. Les deutérostomiens ont tendance à être plus complexes, et comprennent les échinodermes, les Hémicordés, chordés (tous les vertébrés), et un peu plus petit phylums. Les protostomes contiennent pratiquement tout le reste, y compris les arthropodes, annélides, mollusques, les vers plats, etc. A quelques petits embranchements ne sont pas classés comme étant soit. La principale différence entre les deux groupes est de savoir comment ils se développent comme des embryons: dans protostomes, la première ouverture de l'embryon devient la bouche et dans deutérostomiens, il devient l'anus.
La plupart des scientifiques reconnaissent au moins trois superphyla sein protostomes - Lophotrochozoa, Edcysozoa et Platyzoa. Ceux-ci ont été proposés dans superphyla 1995, 1997 et 1998 respectivement, fondée sur des preuves moléculaires et morphologiques. Lophotrochozoaires ("crête d'animaux porteurs») sont unis par la présence d'un lophophore, une couronne de tentacules ciliés autour de leur bouche, utilisée pour saisir les particules de nourriture. Lophotrochozoaires, parfois aussi appelé trochozoans, notamment à propos d'une douzaine de phylums: Entoprocta, mollusques, annélides, Phoronida, Brachiopodes, Nemertea, Chaetognatha, Bryozoaires, Myzostomida, Acoela et Gnathostomulida. La majorité des lophotrochozoaires sont marins, ce qui est logique, car la bouche des tentacules ciliés de la nourriture accaparement sont sous l'eau les plus utiles.
Outre lophotrochozoaires, un autre superphyla principalement marin de protostomes sont les platyzoans («animaux à plat»), qui comprend les vers plats et un certain nombre d'importantes microscopiques animaux planctoniques, comme les rotifères et gastrotriches. Platyzoans se distinguent par l'absence ou l'autre d'un coelome (cavité du corps) ou une diminution cœlome appelé pseudocoel. En moyenne, platyzoa est le plus simple de la superphyla protostomiens, bien que les organismes simples soient également parmi lophotrochozoaires. Platyzoans étaient autrefois considérés comme des membres de Lophotrochozoa, mais la plupart des scientifiques sont maintenant de leur donner leur propre groupe.
Les derniers protostomiens superphyla sont les Ecdysozoa, qui se distinguent par leur exosquelette mue (mue). Ecdysozoa est la plus réussie et la généralisation de la superphyla protostomiens, et notamment les arthropodes (crustacés, insectes, Chélicérates et myriapodes), les nématodes (vers ronds), des tardigrades, des vers de velours, et plusieurs petits phylums. Les nématodes sont l'un des animaux les plus nombreux sur la Terre, dans tous les environnements imaginables, y compris l'Antarctique, tandis que les arthropodes contenir la plupart des espèces, probablement plus de 7 millions, ce qui représente plus de 90% de la biodiversité animale sur Terre. Bien qu'il existe de nombreux autres organismes qui utilisent une certaine forme de coquille ou la cuticule externe, l'a Ecdysozoa sont évidemment les plus évolutif efficace.