Le microscope numérique de terme peut se référer à deux différents set-ups. Il peut s'agir d'un microscope optique d'une caméra vidéo ou un appareil photo numérique ou un microscope fixé avec une caméra intégrée. Dans les deux cas, il est capable de sortir la vue de ce qui est sur la scène, comme une image numérique, et dans les deux cas, la caméra peut être considérée comme un appareil photo numérique de microscope. Une caméra microscope numérique relié à un microscope optique présente l'inconvénient des lentilles étant conçus pour l'œil humain, plutôt que de la caméra, l'image peut être de moins bonne qualité que celle obtenue avec un modèle intégré. D'autre part, certains modèles intégrés n'ont pas un oculaire et dépendent sur l'élargissement du moniteur.
Une caméra microscope numérique permet un certain nombre de possibilités ne sont pas disponibles avec un microscope qui n'a pas un tel appareil. Il permet aux images d'être consignés dans un registre de maintien, transmis sur l'Internet, ou incorporées dans des documents. Une image projetée permet d'étudier loin de la microscopie et de partager l'image avec d'autres - par exemple, un groupe d'étudiants ou collègues, et l'élargissement peut aussi conduire à une meilleure compréhension des données. Avec une caméra vidéo, la possibilité d'enregistrer et de partager le point de vue d'un phénomène ou d'une expérience au fil du temps est ajouté.
Il y a monoculaires microscopes optiques et de microscopes trinoculaire qui ont été conçus pour le rendre facile à attacher une caméra microscope numérique ou caméra vidéo. Dans le cas du microscope monoculaire, l'appareil photo numérique s'adapte sur l'oculaire une. Avec un microscope trinoculaire, la caméra se fixe sur l'oculaire troisième, qui est spécialement conçu pour cet usage. Lors de l'ajout d'une caméra numérique à un microscope microscope, un microscope adaptateur monture C est le connecteur habituel.
Le premier microscope numérique a été construit par Hirox en 1986. USB et FireWire permettent maintenant des liens directs entre la caméra microscope numérique et l'ordinateur. D'autres différences importantes dans les microscopes numériques set-ups sont notamment la qualité de l'optique, de la disponibilité d'un oculaire, le nombre de mégapixels de l'appareil photo a, le logiciel d'image utilisé, si le microscope est sur un pied ou à main, et le coût.