La ciprofloxacine est un antibiotique, et ne tue que certains types de bactéries. Les maladies sexuellement transmissibles (MST) peuvent être causées par une variété d'infections, dont les bactéries ne constituent qu'une partie. Parmi les infections bactériennes que les médecins ont déjà utilisées pour traiter la ciprofloxacine, certains sont devenus résistants au médicament, de sorte que d'autres antibiotiques peuvent être nécessaires. En 2011, le chancre mou et le inguinale STD principalement tropicale granulome sont considérés comme traitables par la drogue. Quand une maladie est causée par un virus, la ciprofloxacine pour les MST dans ces cas est moins efficace. L'herpès génital est un exemple de MTS d'origine virale et le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est un autre. Les verrues génitales sont également produites par une infection virale. Les virus ne répondent généralement pas aux antibiotiques. Chaque antibiotique a aussi des modes d'action spécifiques, et par conséquent ne peut pas cibler toutes les espèces bactériennes. Par exemple, la chlamydia est causée par la bactérie Chlamydia trachomatis, qui ne peut pas cibler la ciprofloxacine. Un autre type de maladie, où la ciprofloxacine pour les MST est inefficace, et qui provoque de C. trachomatis, est vereneum lymphogranulomatose. D'autres maladies bactériennes que la ciprofloxacine pour les MST ne peut pas traiter la syphilis, la où la bactérie Treponema pallidum provoque la maladie. La vaginose bactérienne est une autre condition, qui peut ou ne peut pas être produite par une MST. Cette condition n'est pas non plus généralement répondre à un traitement qui inclut la ciprofloxacine. La trichomonase est une autre MST qui ne disparaît pas avec la ciprofloxacine, mais dans ce cas, c'est parce que l'agent causal est un parasite protozoaire et non une bactérie. Les bactéries peuvent évoluer dans le temps et développer des mécanismes de résistance à un antibiotique. La ciprofloxacine ne fait pas exception. Les Centers for Disease Control (CDC) aux États-Unis a publié une déclaration indiquant que, en 1998 ciprofloxacine était l'un des traitements efficaces contre la gonorrhée. En 2010, la bactérie qui cause la gonorrhée était si résistante à ce médicament que le CDC a recommandé l'utilisation d'autres drogues comme la ceftriaxone à la place. Selon les recommandations de 2010 du CDC sur les options de traitement des MST, la ciprofloxacine est seulement approprié pour traiter le chancre mou et une maladie qui survient principalement dans les pays tropicaux appelés granulome inguinal. Dans le cas de cette maladie, la bactérie responsable est Klebsiella granulomatis. Même si la ciprofloxacine, à partir de 2011, peut traiter ces maladies, des problèmes surviennent parfois Avec le chancre mou, certaines souches sont présentes dans le monde qui sont résistantes au médicament. Grâce à ces cas particuliers, d'autres médicaments tels que l'azithromycine peut être en mesure de traiter l'infection avec succès. Granulome inguinal a également tendance à se reproduire, même si les premiers traitements antibiotiques comme des succès. Un autre inconvénient de la ciprofloxacine pour les MST, c'est que ce n'est pas sans danger pour les femmes enceintes et allaitantes.