Il y a environ 75 000 espèces scientifiquement identifiés de champignons, avec des scientifiques croire qu'il pourrait y avoir jusqu'à un million d'espèces fongiques non encore identifié. Comme espèces différentes peuvent se ressembler superficiellement, en les classant est précisément difficile, et nécessite généralement l'utilisation d'outils moléculaires tels que l'ADN séquençage. Comme le séquençage de l'ADN est encore relativement coûteux, même pour les champignons avec des génomes beaucoup plus courts que les mammifères, il sera probablement plusieurs décennies avant que la majorité est classée avec certitude.
Les types courants comprennent les moules - qui poussent dans brins appelés hyphes, champignons - fructifications de colonies de champignons et levures - le nom des champignons unicellulaires. Cependant, ce sont des termes généraux, et moisissures, les levures et les champignons peuvent être trouvés dans plusieurs catégories taxonomiques. Classification des champignons au niveau de phylums est compliquée, et est constamment remanié. Les champignons ont d'abord été classés à tort comme des plantes, mais des enquêtes ultérieures ont découvert qu'ils ont fait plus en commun avec les animaux. Comme les plantes et les animaux, ils sont des eucaryotes.
Phylogénétique, il ya sept phylums de champignons. Le premier est le Chytridiomycota ou chytrides, la forme la plus primitive, avec environ 1.000 espèces identifiées. Ceux-ci produisent les spores avec flagelles (zoospores), et aller après les amphibiens, le maïs, la luzerne, les pommes de terre, et d'autres organismes vulnérables. Ce sont les plus représentatifs des types qui ont vécu tout au long de l'ère paléozoïque, étant principalement aquatique.
Blastocladiomycota est le deuxième phlya, créées uniquement comme une catégorie distincte en 2007. Comme les chytrides, ils utilisent zoospores à reproduire, et parasite de tous les grands groupes eucaryotes. Les troisièmes phylums, Neocallimastigomycota, sont des champignons anaérobies qui occupent principalement les estomacs des ruminants. Leur nom contient le suffixe grec se référant à des fouets, - mastix, pour leurs nombreux flagelles. Les deuxième et troisième phylums ont tous deux été initialement mal classés comme chytrides.
Les quatrièmes phylums sont les Zygomycota plus familier, nommé pour les spores sphériques rustiques qu'ils produisent. Si vous voyez un champignon avec de minuscules points à l'extrémité des hyphes (filaments), c'est Zygomycota. Il y a plus de 600 espèces de ce genre, et il comprend moule de pain noir, l'un des plus fréquemment aperçus par les humains. Une autre est Pilobolus, qui est capable d'éjecter des spores de plusieurs mètres dans l'air.
Les cinquièmes phylums sont les Glomeromycota, connu sous le nom des mycorhizes à arbuscules (AM) de champignons. Fondamentalement, ce terme signifie «champignons d'arbres." Ils peuvent être trouvés en grand nombre dans les racines de plus de 80% des familles de plantes vasculaires. Cette relation est symbiotique et ancienne, remontant au moins 460 millions d'années, au début de la vie végétale sur terre.
Les sixièmes phylums sont les ascomycètes, connus sous le nom champignons de sac. Ceux-ci font sacs sphériques distinctes pour tenir leurs spores, et contiennent la plupart des espèces de tous les phylums. Les exemples incluent Penicillium, morilles, truffes, de Baker levure , les lichens, l'oïdium, et bien d'autres. Beaucoup de ce phylums sont plante-pathogène.
Les septièmes phylums sont les Basidiomycètes, ou les champignons de club. Ce groupe contient les champignons les plus communs. Il se distingue par la présence d'une structure productrice de spores appelé basidium, plus communément connu comme un bouchon. Avec Ascomycota, ils sont connus comme Higher Fungi.