Un marqueur de poids moléculaire est une molécule utilisée pour fournir une estimation de la taille des molécules soumises à une électrophorèse sur gel. Il s'agit d'une technique dans laquelle l'ADN, l'ARN ou les protéines sont séparés selon leur taille, à l'aide d'un courant électrique sur un gel. Ce terme ne doit pas être confondu avec des marqueurs moléculaires en génétique - les domaines dans lesquels l'ADN d'un organisme diffère du reste de la population et peuvent être identifiés avec une sonde d'ADN. Les marqueurs protéiques de poids moléculaires sont couramment utilisés lorsque les protéines sont séparées par électrophorèse sur gel. Le marqueur de poids moléculaire est un groupe de protéines de poids moléculaire connu, qui sont généralement fournis par les entreprises de biotechnologie dans une gamme de taille donnée. On choisit l'intervalle de taille sur la base des échantillons étudiés. Les marqueurs de poids moléculaire sont chargés en commun et de se séparer au cours de l'exécution. En mesurant la distance parcourue par les marqueurs et la protéine d'intérêt, on peut déterminer la taille de la protéine expérimentale. Les différents types de marqueurs peuvent être visualisés de différentes manières. Certains des marqueurs moléculaires sont non marqués et sont colorées dans le gel avec le reste des protéines. Ils ne sont pas visibles jusqu'à ce que le gel de l'ensemble soit coloré. D'autres types de marqueurs moléculaires protéiques sont pré-teintés avec des couleurs, et chaque type de protéine est d'une couleur différente. La séparation est visible que le gel est en cours d'exécution. Un avantage d'un marqueur pré-teint masse moléculaire est de Western blot. Il s'agit d'une technique dans laquelle les protéines sont transférées sur une membrane, puis colorées avec des anticorps pour détecter une protéine particulière. Comportant des marqueurs de couleur permet de déterminer si le transfert des protéines est terminée avant on procède à la suite de la procédure. Les marqueurs de poids moléculaire sont couramment utilisés pour l'analyse de l'ADN sur des gels. Fréquemment, marqueurs moléculaires d'ADN sont fabriqués à partir de virus du lambda bactérien. Les enzymes de restriction sont prises par les bactéries pour digérer l'ADN des organismes envahissants, et l'enzyme de restriction HindIII est souvent utilisée pour dégrader l'ADN lambda. Il produit une série de différente taille, fragments reproductibles connues comme échelle d'ADN. En comparant la distance parcourue par les normes sur une échelle logarithmique, on peut déterminer la taille des fragments d'ADN en cours d'analyse. Ce marqueur de poids moléculaire de l'ADN peut être utilisé pour analyser la taille de l'ADN produite lors de l'isolement de gènes et dans les expériences de génie génétique. Il peut aussi être utilisé lors de la réaction en chaîne par polymérase (PCR), dans lequel de petites quantités d'ADN ou d'ARN sont amplifiés pour produire de grandes quantités de produit. Les techniques de PCR sont généralement associées à des tests de paternité et de la science médico-légale, mais ils sont aussi très communs dans la recherche biologique et médicale de base. Les marqueurs spéciaux de poids moléculaire sont disponibles pour les petits produits générés à partir de certains types de PCR ou de petites molécules d'ARN.