Estimer le nombre exact d'espèces de bactéries est impossible avec la technologie d'aujourd'hui. Pour vraiment se rapprocher de l'objectif ayant un nombre, vous devez avoir une machine capable de traiter des sols, de l'eau et la roche en grandes quantités, isoler les bactéries de leur habitat, puis séquencer les génomes de plus de bactéries que possible dans le échantillon.
Aujourd'hui, étant donné que le séquençage d'un génome bactérien coûte un demi-million de dollars et prend quelques mois, c'est impossible. Même si les coûts diminuent d'un facteur d'un billion, il ya tellement de microbes dans le sol qui les classer de cette manière serait d'un coût prohibitif.
Au lieu de séquençage de génomes entiers, les enquêtes bactériennes aujourd'hui simplement utiliser des extraits de faire la distinction entre les différentes espèces. Ceci est plus rentable que le séquençage du génome entier. Une enquête a révélé 20.000 espèces de bactéries dans un litre d'eau de mer.
Une autre approche pour déterminer la quantité d'espèces de bactéries dans un échantillon consiste à utiliser une technique appelée réassociation ADN. En réassociation ADN, les scientifiques utilisent des produits chimiques pour "décompresser" les deux brins de la double hélice de l'ADN bactérien, puis les mélanger. Brins d'ADN compatibles seront relier les uns aux autres. Plus le processus de réassociation prend, les autres espèces de bactéries sont présentes dans l'échantillon. Ces mesures de temps peuvent être utilisées pour estimer la biodiversité bactérienne dans l'océan ou dans le sol.
Lorsque cette technique a été appliquée à un échantillon de sol dans les années 90, un 16.000 espèces de bactéries ont été trouvés. Cependant, cette technique inclus l'hypothèse que les populations des différentes espèces de bactéries étaient à peu près similaire, qui est maintenant connue pour être fausse. Un sondage mis à jour par Jason Gans trouvé qu'il y avait environ un million d'espèces bactériennes par gramme de sol. Alors que seulement quelques espèces bactériennes dominent le sol, il ya une énorme quantité de faible abondance des espèces.
Une autre approche consiste à utiliser des modèles mathématiques de courbes diversité des espèces d'extrapoler le nombre total d'espèces dans un échantillon donné d'informations sur l'abondance de quelques espèces de haut niveau. Un document de 2002 par Curtis, Sloan et Scannel, «Estimation de la biodiversité procaryote et ses limites", a estimé le nombre de bactéries océaniques taxons inférieurs à 2 millions, le nombre de taxons du sol d'au moins 4 millions d'euros, et le nombre de taxons atmosphérique à au moins 4 millions. Cependant, cette étude suppose que la diversité bactérienne dans un gramme de sol était seulement 6.400 - 38.000 par gramme, beaucoup moins que dans l'étude de réassociation ADN.
À l'heure actuelle, les estimations du nombre total d'espèces de bactéries gamme d'environ 10 millions à un milliard, mais ces estimations sont provisoires, et peut être désactivé par plusieurs ordres de grandeur. À titre de comparaison, il ya probablement entre 10 et 30 millions d'espèces animales, la grande majorité d'entre eux insectes. Le nombre d'espèces reconnues scientifiquement comme des animaux est d'environ 1.250.000. Il existe près de 300.000 espèces connues de plantes.