Il existe deux groupes principaux de bilatérien animaux (bilatéralement symétrique): protostomes et deutérostomiens. Ils sont aussi appelés superphyla, car chacun contient plusieurs phylums animaux. Les deutérostomiens ont tendance à être plus complexe, et comprennent les échinodermes, les hémichordés, chordés (tous les vertébrés), et un peu plus petit phylums. Les protostomes contiennent pratiquement tout le reste, y compris les arthropodes, annélides, vers plats, mollusques, etc. Quelques petits embranchements ne sont pas classés comme étant soit. La principale différence entre les deux groupes est la façon dont ils se développent en embryons: dans protostomes, la première ouverture dans l'embryon devient la bouche, et dans deuterostomes, il devient l’anus.
La plupart des scientifiques reconnaissent au moins trois superphyla dans protostomes - Lophotrochozoa, Edcysozoa, et Platyzoa. Ces superphyla ont été proposées en 1995, 1997 et 1998 respectivement, sur la base de données moléculaire et morphologique. Lophotrochozoaires («animaux de crête portant») sont unis par la présence d'un lophophore, une couronne de tentacules ciliés autour de leur bouche, utilisée pour saisir les particules de nourriture. Lophotrochozoaires, parfois aussi appelés trochozoans, comprennent une douzaine phylums: Entoprocta, mollusques, annélides, Phoronida, brachiopodes, Nemertea, Chaetognatha, bryozoaires, Myzostomida, Acoela, et Gnathostomulida. La majorité des lophotrochozoaires sont marine, ce qui est logique car la bouche-tentacules ciliées pour saisir la nourriture est sous l'eau le plus utile.
Outre lophotrochozoaires, un autre superphyla principalement marin de protostomes est les platyzoans («animaux à plat"), qui comprend les vers plats et un certain nombre de microscopique importante, animaux planctoniques tels que les rotifères et Gastrotriches. Les platyzoans se caractérisent par l'absence ou l'autre d'un coelome (de la cavité du corps) ou un coelome diminuée appelé pseudocoel. En moyenne, platyzoa est le plus simple de la superphyla de protostomiens, si les organismes simples se retrouvent également parmi lophotrochozoaires. Platyzoans étaient autrefois considérés comme des membres de Lophotrochozoa, mais la plupart des scientifiques leur donnent maintenant leur propre groupe.
La dernière protostomiens superphyla est les Ecdysozoa, se distingue par la mue de leurs exosquelettes (ecdysis). Ecdysozoa est le plus réussi et généralisée de la superphyla de protostomiens, et comprennent les arthropodes (crustacés, insectes, chélicérates et myriapodes), les nématodes (vers ronds), tardigrades, velours vers et plusieurs phylums plus petit. Les nématodes sont l'un des animaux les plus nombreux sur la Terre, on trouve dans tous les environnements imaginables, y compris l'Antarctique, tandis que les arthropodes contiennent la plupart des espèces, probablement plus de 7 millions, ce qui représente plus de 90% de la biodiversité animale sur Terre. Bien qu'il existe de nombreux autres organismes qui utilisent une certaine forme de coquille ou la cuticule externe, les Ecdysozoa de sont évidemment les plus évolutif efficace.